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pedtides短肽
tap把peptides拉到内质网endoplasmic reticulum
MHC class Ⅰ会比较复杂，每个人种不一样
拉出细胞表面（把细胞内部降解的 peptides，是特点）
T细胞结合了MHC class Ⅰ表达出来的
引发一系列反应（黑色的小圆就是抗原）
整个可以理解成一个抗体细胞
程序做的就是
最重要的是第3步的数据（公司努力的方向）
目前最好的是前2步（很多程序考虑把1 2步结合起来）
BA预测是第2步（很多早期的程序是重视BA），AP预测是第一步
然后他们结合是PS？
MS质谱识别是什么？？得到正确数据，高通量。（以高通量测蛋白质数据（21），比测DNA（4）弱)
MS目前还没有这么成熟，测短肽比较准，越长越不准。MS是测蛋白的，另外一个是测基因的。
得到好的training模型，对黑色的小球部分测序
质谱做的就是把表面有抗原的细胞，把小灰球下来，测小灰球测的8-9个序列（都是成功表达的）
第二代测序（DNA数据，用高通量测基因组数据）
PPV
Sensitity
Specificity
BLOSUM62
Training data分成好几组
着重看method
architecture
神经网络
AP model
BA model
PS model
mass spec （true positive
random （true negetive
卷积 用小窗户拍过去 把所有数据抽象一次
（数据很小的时候可能不需要抽象化）
training set更重要
model尽量选简单的
HPV多少价
三价意思就是在疫苗里面同时防止三种类型的病毒（多种病毒的特征）
序列包含多种特征这样
不同的序列不一定被mhc 1 呈递
如果先用计算机快速筛选（哪些肽段更容易被结合） 就能达到快速开发
有用hpv表面的蛋白 做切割 做测试（会很麻烦）
软件BA预测亲和力 抗原
蛋白酶体 peoteosome
AP模拟蛋白被消化，切割的整个过程
还有一个BA+AP PS的预测集
主要是AP和BA
MHC呈递抗原
AP亲和力
BA结合强度
